本設計標工作內容涵蓋兩個區段標，各含土建、水電、環控及電(扶)梯等標之設計服務。全線包含兩個地下車站(南港站及經貿南站)、橫渡線及潛盾隧道，並以明挖覆蓋隧道銜接與台鐵及高鐵三鐵共構之隧道。捷運南港站與仳鄰之台鐵南港站以兩個進出口連通，經貿南站則設置人行地下道與內湖線經貿南站銜接，各為旅客轉乘之重要轉運站。
南港站之建築意象以「懷舊與科技」為主題，以現代多元化科技材質呈現傳統文化的精緻質感。經貿南站則與南港經貿園區及中央研究院結合以「數位空間、e 化車站」為主題，傳達現代化、高科技、速度感之e化車站的神韻。