高鐵雲林站，基地位於「高鐵雲林站特定區」(約420公頃)之核心區，基地面積約為10.06公頃，東側鄰近台灣大學雲林分部，西側鄰近中科虎尾園區，南近虎尾鎮。一樓規劃為車站大廳層(非付費區/付費等候區)、運務空間、旅客服務設施及商店、機電空間、客運轉運站、汽車臨停區；二樓為運務空間、機電空間；三樓為月台層，包括月台、月台站務室、機電維修空間。